Uno step importante da non sottovalutare è rappresentato dalla movimentazione degli endoscopi; un trasporto inadeguato oltre a danneggiare lo strumento può causare una ricontaminazione e conseguentemente l’insorgere delle infezioni. I DM una volta trattati, sono movimentati in modo tale da garantire il mantenimento delle caratteristiche microbiologiche ottenute durante il processo di ricondizionamento. Condizioni ambientali e procedure di manipolazione non adeguate possono compromettere tali caratteristiche; se non disponibili ambienti a contaminazione controllata è indispensabile utilizzare sistemi di protezione opportunatamente sanificati.